Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta berdiri bulan Desember tahun 2016 melalui Keputusan Menteri Hukum dan HAM RI Nomor MHH-10.OT.01.01 Tahun 2016, Tanggal 15 Juli Tahun 2016 mengenai Pembentukan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIA Pekanbaru, Jakarta, Pontianak, Palangkaraya, Samarinda, Martapura, Denpasar, Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Padang, Jambi, Bengkulu, Yogyakarta, Menado, Batam dan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Pangkal Pinang, Mataram, Gorontalo, Palu, Kendari, Ambon, Ternate, Jayapura, Manokwari, Mamuju.
Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis Pemasyarakatan yang memiliki tugas dan fungsi untuk melaksanaan program pembinaan terhadap narapidana di wilayah hukum Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dan mulai beroperasi secara efektif memasuki bulan Januari 2017. Pada awal beroperasi, Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta bertempat di satu lokasi dengan Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Yogyakarta di Jalan Tamansiswa Nomor 6b Yogyakarta, dengan meminjam pakai sarana fisik dari Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Yogyakarta.
Kemudian pada Tanggal 10 Maret 2021 dilakukan pemindahan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta ke gedung baru di Gunungkidul. Kemudian pada tanggal 9 April 2021, Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta secara resmi beroperasi di gedung baru di Jalan Sugiyo Pranoto No. 35 Rejosari, Baleharjo, Wonosari, Gunungkidul, Daerah Istimewa Yogyakarta. Berdiri di atas lahan pinjam pakai milik Lapas Kelas IIB Wonosari seluas 12.000 m², Lapas Perempuan Kelas IIB Yogyakarta memiliki kapasitas hunian 250 orang.
