Pembentukan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta adalah berdasarkan Surat Keputusan Menteri Hukum dan HAM RI No. MHH-10.OT.01.01 Tahun 2016 tanggal 15 Juli Tahun 2016 tentang Pembentukan Unit Pelaksana Teknis Lembaga Pemasyarakatan Klas IIA Pekanbaru, Jakarta, Pontianak, Palangkaraya, Samarinda, Martapura, Denpasar, Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Padang, Jambi, Bengkulu, Yogyakarta, Menado, batam dan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas III Pangkal Pinang, Mataram, Gorontalo Palu, Kendari, Ambon, Ternate, Jayapura, Manokwari, Mamuju.

Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta beroperasional secara efektif sejak bulan Januari 2017 dengan kapasitas 125 orang narapidana. Secara historis berdirinya Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Yogyakarta adalah pemekaran UPT Pemasyarakatan Lapas Yogyakarta menjadi 2 (dua) Satuan Kerja di lingkungan Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Daerah Istimewa Yogyakarta yaitu Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Yogyakarta dan Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta pada tahun 2017.

Sebelum beroperasionalnya bangunan hunian Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta berfungsi sebagai tempat untuk menampung Tahanan Tindak Pidana Korupsi dan bangunan perkantoran Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta sebelumnya adalah Aula Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Yogyakarta. 

Sebagai salah satu wujud komitmen Kementerian Hukum dan HAM RI, di tahun 2019, bertepatan dengan tahun ketiga berdirinya Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta, mendapatkan Anggaran Prioritas Nasional berupa Pembangunan Gedung Kantor,  yang mulai dibangun pada bulan Juli 2019 dengan berlokasi di Kabupaten Gunung Kidul tepatnya di Jalan Mgr. Sugiyopranoto, Rejosari, Baleharjo, Wonosari.